Die MRA ist nach den Vorgaben des Errichters halbjährig einer Funktionsprüfung zu unterziehen und regelmäßig, mindestens jedoch einmal jährlich zu warten.

Die Dauer der Funktionsläufe und der Umfang der Wartungsarbeiten ergibt sich aus den Vorgaben des jeweiligen Errichters.
Die Rauchgas-Ventilatoren werden im Laufe ihres Lebenszyklus nur einige wenige Betriebsstunden durch den Inbetriebnahmelauf und die regelmäßigen Funktions- und Wartungsläufe aufweisen. Die Funktionstüchtigkeit wird im Wesentlichen durch äußere Einflüsse und durch die spezifischen Alterungserscheinungen der Einzelkomponenten, und hier im Besonderen der Motoren, bestimmt. Die Lagerlebensdauer auf Grund der Lagerlaufzeit ist als Ausfallkriterium kaum relevant.
Wegen der geringen Anzahl von Betriebsstunden ist heute üblich, eine durch ein Diagnosesystem gestützte Wartung durchzuführen. Das heißt, ein Ausbau und eine Erneuerungen der Motorenlager und -fette, erfolgt nur nach einer entsprechenden Meldung des Diagnosesystems. Dies entbindet nicht von der Durchführung der baurechtlich vorgeschriebenen Überprüfungen, wie z. B. regelmäßiger Funktionsüberprüfungen der Entrauchungsventilatoren und der gesamten Entrauchungsanlage.
Weiter sind Sichtprüfungen bezüglich Kabelzustand, freie Ansaug- und Ausblasöffnungen etc. auch in jährlichen Abständen durchzuführen.

Verbrauchs- oder Austauschmaterialien (immer nur Originalteile oder Teile mit entsprechender Anerkennung verwenden, da ansonsten die Produktzulassung oder -zertifizierung erlischt) und weitere Aufwendungen werden dabei nach Aufwand oder mit einer vorher vereinbarten Pauschale, z. B. im Rahmen eines abgeschlossenen Wartungsvertrages, abgerechnet.

Soll eine MRA z. B. zu Wartungszwecken abgeschaltet werden, ist dies vorher mit den zuständigen Behörden abzustimmen und gegebenenfalls sind für diese Zeit Ersatzmaßnahmen zu treffen.